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高通量测序基因组拼接技术指标中的ContigN50和S

来源:网络整理2017-10-12 18:28
ContigN50:Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs.将所有的Contig长度相加,能获得一个Contig总长度.然后将所有的Contigs按照从长到短进行排序,如获得Contig1,Contig2,contig3...………Contig25.将Contig按照这个顺序依次相加,当相加的长度达到Contig总长度的一半时,最后一个加上的Contig长度即为ContigN50.举例:Contig1+Contig2+Contig3+Contig4=Contig总长度*1/2时,Contig4的长度即为ContigN50.ContigN50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准.ScaffoldN50:ScaffoldN50与ContigN50的定义类似.Contigs拼接组装获得一些不同长度的Scaffolds.将所有的Scaffold长度相加,能获得一个Scaffold总长度.然后将所有的Scaffolds按照从长到短进行排序,如获得Scaffold1,Scaffold2,Scaffold3...………Scaffold25.将Scaffold按照这个顺序依次相加,当相加的长度达到Scaffold总长度的一半时,最后一个加上的Scaffold长度即为ScaffoldN50.举例:Scaffold1+Scaffold2+Scaffold3+Scaffold4+Scaffold5=Scaffold总长度*1/2时,Scaffold5的长度即为ScaffoldN50.ScaffoldN50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准.
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